
인간의 염분을 빼앗는 변신 가능한 생명체가 선원들에게 접근한다. 의도치 않게 이 생명체가 우주선에 승선하자, 스코티는 결단을 내려야 한다.
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제임스 T. 커크 선장, 스팍 1등 항해사, 맥코이 박사를 비롯한 엔터프라이즈호 선원들은 5년간의 우주탐사 임무를 시작한다.

인간의 염분을 빼앗는 변신 가능한 생명체가 선원들에게 접근한다. 의도치 않게 이 생명체가 우주선에 승선하자, 스코티는 결단을 내려야 한다.
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강력한 초능력을 가진 10대 소년 찰리가 승선한다. 호감을 사고 싶은 마음과 달리 사람들을 공격하던 찰리는 숨겨왔던 능력을 커크에게 들킨다.
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커크와 스팍이 스타플리트의 사건을 조사하던 중 커크의 친구가 신과 같은 능력을 얻게 된다. 커크는 친구를 막기 위해 위험한 계획을 세우게 된다.
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바이러스로 인해 엔터프라이즈호 선원들은 자제력을 모두 잃는다. 술루는 칼로 선원들을 위협하고 스팍은 울부짖는다. 본즈는 해독제를 찾는다.
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엔터프라이즈호의 전송기가 오작동하여 커크 선장과 사악한 도플갱어를 함께 선상으로 빔전송한다. 이후 커크 선장과 선원들은 추운 행성에 발이 묶인다.
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커크와 선원들은 해리 머드와 결혼정보회사에서 보낸 그의 '우편주문 신부' 3명을 구한다. 머드는 자신을 재판에 회부하려는 커크를 막으려 한다.
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엔터프라이즈호가 유명 과학자 로저를 찾던 중 도착한 외딴 행성에서 커크는 인간에 가까운 두 안드로이드와 살고 있던 로저의 기습을 받는다.
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엔터프라이즈호는 바이러스로 인해 인간이 계속 아동기에 머물게 되는 행성에 이른다. 커크와 선원들마저 감염되고 본즈만이 문제를 해결할 수 있다.
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한 행성의 죄수 집단 거주지에서 정신 이상인 박사가 엔터프라이즈호로 탈출한다. 커크는 그가 이곳의 광적인 책임자에 의해 세뇌되었음을 알아낸다.
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엔터프라이즈호는 외계 종족인 베일록의 우주선에 견인될 위기를 모면한다. 그러나 베일록이 조난 신호를 전송하자 커크와 선원들은 도움을 준다.
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스팍은 부상을 입은 엔터프라이즈호의 옛 선장을 납치하고 금지된 행성으로 항로를 설정한다. 군사재판을 받게 되는데도 그는 뜻을 굽히지 않는다.
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스팍에 대한 군사재판 중, 파이크 선장과 초능력을 가진 탈로스인의 만남을 담은 영상을 통해 스팍의 우주선 납치 동기가 드러난다.
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대량 학살을 일으켜 도망자가 된 코도스는 23세기 셰익스피어 극단 배우이다. 친구가 살해되자 커크는 조사를 위해 셰익스피어 극단을 초청한다.
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로뮬란이 기지를 파괴했다! 엔터프라이즈호에 첩자를 심어둔 게 분명해 보이는 때, 스팍이 포착한 갑판 영상엔 그와 너무나도 닮은 얼굴이 나타난다.
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엔터프라이즈호는 상륙 허가를 위해 그림처럼 아름다운 행성에 상륙하지만, 사무라이와 피에 굶주린 기사가 술루와 본즈를 공격하면서 목가적인 시간은 엉망이 된다.
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스팍, 본즈, 스코티 등은 불시착한 행성에서 흉악한 거인의 공격을 받는다. 스팍은 구출될 가능성이 희박하다는 것을 알고 생명을 건 모험을 한다.
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나폴레옹에게 매혹된 철없는 외계인이 지배하는 행성에 엔터프라이즈호가 억류된 가운데, 커크 선장은 선원들의 해방을 위해 자신의 목숨을 바친다.
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도마뱀 모양의 폭력적인 휴머노이드 곤과 커크가 외계인에게 납치된다. 커크와 곤은 선원들을 구하기 위해 끝까지 싸워야 하지만 커크는 거부한다.
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엔터프라이즈호는 한 검은 별에 의해 1960년대의 지구로 시간을 거슬러 간다. 커크와 선원들은 이번 방문의 증거를 모두 없애야 복귀할 수 있다.
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기이한 사고가 장교 1명의 목숨을 앗아가고 컴퓨터 기록에는 커크 선장의 책임으로 표시된다. 그러나 군법회의에 제시된 증거를 통해 그가 누명을 썼음이 밝혀진다.
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수년 전 스타플리트 우주선 한 대가 실종되었던 행성에 도착한 엔터프라이즈호는 시민들을 압제하는 독재자 컴퓨터를 발견한다.
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엔터프라이즈호는 칸 누니언 씽이 이끄는 잔인한 슈퍼휴먼들과 만난다. 칸은 통제권을 뺏으려 커크를 공격하고 믿었던 동료는 스타플리트를 배신한다.
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커크 선장은 선원들이 죽을 운명에 처한 행성에 도착하고, 실제 전투를 피하기 위해 자살이 행해지는 가상 전쟁에 이들이 얽혀있음을 알게 된다.
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엔터프라이즈호는 모든 사람이 서로에게 소극적이고 다정한 태도를 보이게 되는 행성에 착륙하고, 얼마 지나지 않아 커크 선장은 그 이유를 알게 된다.
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채광지에서 괴물이 여러 명을 죽이자 커크와 스팍은 이 문제를 조사한다. 스팍은 이 특이한 생명체가 지능적이며 타당한 동기가 있음을 알게 된다.
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커크는 원시적으로 보이는 오가니아인이 살고 있는 행성에 전초기지를 설립하려 한다. 클링온의 공격에 오가니아인은 진정한 진화의 모습을 보여준다.
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커크는 라자루스를 만난다. 그는 자신이 시공간을 이동하며 또 다른 자신을 쫓고 있고, 커크의 도움 없이는 다중 우주 전체가 위험하다고 주장한다.
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본즈는 1930년대의 미국으로 가 미래를 망치는 실수를 한다. 망쳐진 미래를 되돌리기 위해 커크와 스팍도 과거로 가고, 커크는 사랑에 빠진다.
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또 다른 행성에서 커크 선장의 형은 아메바와 비슷한 외계인에게 살해당하고, 스팍도 이 외계인에게 감염된다. 그러나 본즈의 치료는 충격적인 부작용을 유발한다.
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