아테나: 전쟁의 여신 시즌 1

북한 원자력 연구소장 김명국 박사의 망명을 돕는 명호는 계획이 탄로 났다는 보고를 받고, 비상회의를 소집해 김 박사가 망명할 방법을 찾는다. 이 과정에서 용관이 특수임무를 맡는다.

이탈리아에서 특수 임무를 수행하게 된 정우는 자신의 파트너가 혜인이라는 사실을 알고 매우 놀란다. 그리고 사람들이 모여드는 화려한 저택 안에서 화려한 드레스 차림의 혜인을 발견한다.

과거에 연인 사이였던 재희와 정우는 함께 임무를 수행하고, 임무 중에 재희가 위기에 처하자 정우가 위험을 무릅쓰고 구한다. 한편, 용관은 정우를 다시 알제리로 파견한다.

대통령의 딸이 납치되고, 정우와 기수가 납치범을 쫓는 과정에서 부상당한다. 그 소식을 들은 재희가 바로 이탈리아로 향하고, 용관과 NTS요원들도 뒤이어 도착한다.

정우, 재희, 기수는 수영이 감금된 곳으로 향한다. 하지만 기수의 실수로 납치범들과 전면전을 벌이게 되고, 납치범들은 수영을 인질로 삼아 도주한다.

혜인은 NTS의 기밀 정보를 빼내던 중에 서버실 요원에게 발각되고, 혜인은 탈출에 성공하지만 서버실 요원이 혜인이 열어놓은 김 박사의 보호프로그램 관련 파일을 확인한다.

죽은 줄 알았던 김 박사가 일본에 있다는 사실을 안 손혁은 김 박사의 위치를 추적하고, 용관은 재희에게 손혁을 감시하도록 지시한 후에 NTS조직의 보안을 강화한다.

정우는 김 박사를 납치한 테러범을 추격하다가 위험에 빠지고, NTS의 수사망은 손혁의 본거지에 거의 다다른다. 혜인이 손혁에게 이런 상황을 알리려 애쓴다.

정우는 눈앞에서 고문당하는 혜인을 보고 충격받고, 테러범들은 혜인을 담보로 정우에게 신형원자로의 핵심장비인 SNC를 가져오게 한다. 그리고 정우는 혜인을 구하기 위해 움직인다.

SNC를 확보하지 못한 손혁과 혜인은 미국으로 소환되고, 권 국장은 손혁을 조사한다. 한편, SNC를 무단으로 가져간 정우는 직무 정지 처분을 받는다.

손혁이 정우에게 겨눈 총의 방아쇠를 당기려는 순간, 어디선가 갑자기 혜인이 나타나고, 혜인은 불안한 모습으로 정우에게 작별을 고한다. 정우는 혜인의 갑자기 변한 태도를 받아들이지 못한다.

손혁의 본거지로 조심스럽게 발을 들이는 정우 앞에 혜인이 손혁에게 총을 겨눈 채 걸어 나오고, 손혁을 체포한 권 국장은 손혁에 대한 NTS의 독자적 수사를 지시한다.

손혁을 조사하던 정우는 사진 속에서 손혁과 다정하게 있는 혜인을 발견하고, 혜인을 찾아가 이 사진이 문제가 될 것임을 경고한다. 그리고 혜인은 홀로 가슴 앓이를 한다.

손혁은 정우의 눈을 피해 혜인을 빼내 오고, 아테나를 떠나려는 혜인을 붙잡는다. 한편, 한정필 암살 현장에서 혜인을 본 정우는 배신감에 사로잡힌 채 혜인 체포 명령을 받는다.

손혁은 대통령의 차량을 급습하고, 손혁을 제지하려는 정우는 인천대교 한가운데서 손혁과 정면으로 대치한다. 그리고 손혁은 정우가 방아쇠를 당기기 전에 바다 속으로 뛰어든다.

온몸에 폭발물을 단 앤디가 NTS를 점거하고, 손혁은 혜인을 내놓으라며 NTS를 협박한다. 그리고 이를 지켜보던 혜인이 큰 희생을 막기 위해 손혁의 앞에 나타난다.

정우와 기수는 성철의 죽음 앞에 오열하고, 분노를 느낀 권 국장은 모든 것을 걸고 아테나를 척결하겠다고 맹세한다.

정우가 NTS요원들과 아테나의 은신처를 급습하지만 손혁은 이미 몸을 피한 상태이다. 그리고 정우는 아테나가 벌이려는 테러에 관한 단서를 발견한다.

아직 아테나의 목표가 어딘지 모르는 가운데 정우는 손혁을 필사적으로 추격하고, 기수는 북한 정부의 눈을 피해 정우를 찾아와 성철의 복수를 하고 싶다고 말한다.

재희는 아테나 일당의 총에 맞고서도 정우에게 미사일의 위치를 알리려 필사적으로 애쓰고, 현장에 도착한 준호는 재희를 살리려 분투한다.